Have you ever heard of molecular docking? Molecular docking merupakan salah satu prosedur komputasional yang digunakan untuk memprediksi ikatan kimia dari makromolekul (reseptor) dengan sebuah molekul kecil (ligan) dengan efisien menggunakan strukturnya melalui simulasi molecular docking. Teknik ini digunakan dalam penelitian untuk membantu memahami kerja suatu senyawa ketika berikatan dengan targetnya, baik dari aktivitas biologis dan kuatnya interaksi yang dihasilkan serta membantu menyeleksi senyawa-senyawa sebelum siap diuji di laboratorium. Workshop mengenai MolDock ini diselenggarakan untuk membekali para anggota DUDRG dalam membentuk bekal keterampilan dasar menggunakan suatu perangkat lunak sehingga mempermudah dalam merancang suatu riset di DUDRG dan memprediksi hasil eksperimen yang akan dilakukan.
Pada workshop MolDock ini materi yang diperkenalkan berhubungan dengan binding site (lokasi pada reseptor tempat ligan berikatan), binding affinity (ukuran kekuatan ikatan antara ligan dan reseptor, biasanya dinyatakan dalam bentuk nilai energi), dan docking score (nilai hasil perhitungan perangkat lunak yang mengindikasikan kualitas ikatan dimana semakin rendah nilainya maka energi negatifnya akan semakin besar dan semakin stabil ikatan yang akan diprediksi). Pada materi workshop ini juga diajarkan mengenai cara mencari dan mengunduh data suatu protein dari Protein Data Bank (PDB), struktur ligan, dan penentuan reseptor yang akan dibutuhkan. Sedangkan beberapa perangkat MolDock yang dibutuhkan yang pertama adalah BIOVIA Discovery Studio Visualizer yaitu aplikasi visualisasi molekuler gratis sebagai persiapan yang menampilkan struktur protein dan molekul kecil dalam bentuk 2D atau 3D dan fitur clean protein yang memungkinkan penambahan side-chain hilang, menghapus disorder, dan menstandarkan penamaan atom. Perangkat lunak yang kedua yaitu Autodock Vina yaitu aplikasi docking untuk memproses docking molekul dengan sistem scoring dan pencarian konformasi secara efisien. Selanjutnya perangkat lunak yang digunakan ketiga adalah PyMOL sebagai visualisasi hasil yang menampilkan beberapa fitur seperti mesh density (isomesh), mengubah ukuran vdw sphere, mengubah warna latar belakang, dan mengukur jarak antar atom. Workshop ini berlangsung dengan suasana yang antusias dan interaktif. Semua anggota fokus mengikuti penjelasan dan arahan yang telah diberikan oleh pemateri. Dengan penguasaan MolDock ini kedepannya diharapkan para anggota dapat mempercepat penemuan senyawa aktif dan memperdalam pemahaman tentang interaksi molekul sebagai langkah awal yang tepat untuk semua anggota DUDRG untuk mulai berlatih, bereksperimen, dan mengembangkan potensi riset dengan penguasaan MolDock yang telah diberikan. Research is not just about finding answers, but also about asking questions and digging deeper!
[Disusun oleh: Dita Dlyliana (DTD)]